Resumo

O gênero Streptococcus é um patógeno frequente em animais de importância agroindustrial, de ampla distribuição atingindo inclusive humanos. Em alguns países da América do Sul e no Brasil, a espécie S. agalactiae é grande responsável por patogenicidades em peixes, causando perdas em larga escala para a aquicultura. A detecção e a identificação diagnóstica desta espécie baseiam-se em sinais clínicos, testes bioquímicos e isolamento microbiológico. Atualmente técnicas moleculares como a reação em cadeia da polimerase (PCR), têm sido amplamente difundidas para identificação rápida e acurada de microrganismos. Tais técnicas permitem a identificação específica para S. agalactiae em amostras coletadas de peixes, possibilitando o diagnóstico de diferentes doenças. Este trabalho objetiva selecionar oligonucleotídeos iniciadores para amplificação específica por PCR, visando a detecção e identificação de S. agalactiae a partir de regiões genômicas distintas. Sequências de genes recA (reparo do DNA) e gyrB (DNA girase subunidade B), obtidas nos bancos de dados do NCBI, foram alinhadas no programa Mega 5.05, a construção de uma árvore filogenética foi utilizada na validação dos alinhamentos que foram utilizados para a seleção de regiões variáveis, onde foram obtidos os iniciadores. A árvore filogenética demonstrou que as regiões escolhidas foram capazes de agrupar as diferentes espécies avaliadas. Foi selecionado um par de iniciadores por região genômica com especificidade para a espécie S. agalactiae para cada região. Estes iniciadores serão avaliados quanto à capacidade de reconhecer em amplificação, sendo utilizados para diagnóstico molecular: A partir de regiões variáveis foram selecionados os primers de iniciadores recA-F 5’GTCGAAATTTATGGACCAG3’; recA-R 5’CTAAGCGGTCAAGTCAG3’e gyrB-F 5’CTTATCAGGAACAACAGTTC3’; gyrB-R 5’GGATATCAAGTCCTGCAAG3’ para a identificação de S. agalactiae, posteriormente validados através do programa Oligo Analyzer 3.1. Espera-se observar amplificação em S. agalactiae e ausência de amplificação nos demais grupos, demonstrando a especificidade dos iniciadores. Este estudo in silico demonstra que o set de iniciadores é hipoteticamente eficiente para as reações de identificação propostas e serão avaliados in vitro em testes de amplificação a partir de DNA de culturas puras e de amostra de campo.