Resumo

A Febre Aftosa é causada por um vírus não envelopado, RNA fita única senso positiva pertencente ao gênero Aphtovirus da família Picornaviridae. O desenvolvimento de testes diagnósticos para a Febre Aftosa é fundamental, pois é uma doença epidêmica, altamente contagiosa, que afeta bovinos, suínos e ovinos. A diferenciação entre os animais infectados e vacinados está relacionada à detecção de anticorpos contra a proteína estrutural VP1, presente nos animais infectados e imunizados, e anticorpos contra a proteína não-estrutural 3ABCD presentes somente no animais infectados. Este trabalho objetivou, através da análise de bioinformática, identificar regiões peptídicas conservadas na proteína VP1 e na proteína 3ABCD entre os três sorotipos utilizados na produção da vacina contra a febre aftosa, que possam conferir um diagnóstico eficaz, seguro e capaz de diferenciar os animais infectados dos imunizados. As sequências nucleotídicas das proteínas VP1 e 3ABCD dos sorotipos A24 Cruzeiro (AY593768.1), C3 Indaial (AY593806.1) e O1 Campos (AY593818.1) foram alinhadas através do programa MEGA 5.0. As sequências proteicas dos três sorotipos foram analisadas pelos programas NetMHC 2.1 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC-2.1/) e MHCPred 2.0 (http://www.ddg-pharmfac.net/mhcpred/MHCPred/) para identificação de sequencias peptídicas que se ligam aos complexo principal de histocompatibilidade (MHC). No NetMHC foi usado como limite mínimo de afinidade das regiões peptídicas aos MHC as ligações acima de 500nM e no MHCPred foi estabelecido o limite mínimo de 60nM. No alinhamento dos genomas dos três sorotipos percebeu-se que estes são altamente conservados, apresentando 80% de homologia. Em relação à proteína VP1 a porcentagem de homologia das sequências nucleotídicas dos três sorotipos foi de 62% e para a região 3ABCD foi de 98%. Os ensaios de predição de ligação ao MHC pelos programas NetMHC e MHCPred identificaram 39 regiões comuns para a proteína VP1, já para a região 3ABCD foram identificadas 363 regiões, as quais ambas são conservadas e com valores de ligação acima do limiar estabelecido pelos dois programas. Através das análises de bioinformática, identificamos vários epítopos na proteína estrutural VP1 e na região não-estrutural 3ABCD que possam ser utilizados para o desenvolvimento de testes diagnósticos capazes de diferenciar os animais infectados dos imunizados.