Resumo

O gênero Mycobacterium possui atualmente 154 espécies incluindo patógenos estritos para o homem e espécies potencialmente patogênicas ou saprofíticas comumente denominadas micobactérias não tuberculosas (NTM). A identificação clássica das micobactérias é baseada na observação de características fenotípicas, tais como: tempo e temperatura de crescimento, pigmentação e capacidade de crescer em presença de substâncias inibidoras. Além de laborioso e necessitar de período prolongado de incubação, este esquema é muito limitado para identificar todas as espécies e por isso tem sido freqüentemente associado a técnicas moleculares. O objetivo deste trabalho foi comparar duas técnicas de identificação de micobactérias, PRA-hsp65 (PCR-restriction enzyme analysis) e espectrometria de massas (MALDI-TOF), sendo que para esta última foram testados dois protocolos de preparo de amostras (Bruker Daltonics v3 e El Khechine). Foram analisadas dez cepas de micobactérias de referência e 47 isolados ambientais. Todos os isolados analisados por PRA-hsp65 geraram perfis de restrição com as enzimas BsteII e HaeIII porém, nove isolados (19%) apresentaram perfis compatíveis com os depositados no banco de dados PRASITE e assim identificados no nível de espécie e 38 isolados (81%) apresentaram 31 novos perfis. Resultados de espectrometria de massas apresentaram-se reprodutíveis e com identificação correta das cepas de referência quando comparados ao banco de dados disponível (BioTyper v2) pelos dois protocolos testados. Utilizando o protocolo descrito por El Khechine, os espectros de massas obtidos apresentaram um maior número de picos detectáveis para comparação sugerindo ser mais específico. Todas as amostras ambientais testadas geraram espectros de massas de alta qualidade, mas não foram identificadas quando comparadas a este banco de dados. A metodologia de espectrometria de massas é promissora, mas estes dados demonstram a necessidade de criação de um banco de dados amplo, composto essencialmente por espectros de amostras de referência, clínicas e ambientais bem caracterizadas. A análise comparativa entre as duas técnicas de identificação (PRA-hsp65 e espectrometria de massa - protocolo El Khéchine) revelou que 44 isolados (94%) foram agrupados da mesma maneira pelas duas metodologias. Financiamento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)