Resumo

O gênero Xanthomonas, família “Xanthomonadaceae”, apresenta entre as características mais relevantes a produção do exopolissacarídeo (EPS) goma xantana, de enorme interesse nas indústrias de alimentos, farmacêutica e de petróleo. A xantana é um biopolímero que possui estrutura primária formada por unidades repetidas de pentassacarídeo, cadeia linear por duas unidades de glicose, e o trissacarídeo das ramificações por duas unidades de manose e uma unidade de ácido glucurônico, com resíduos de ácido pirúvico e grupo acetil. A biossíntese da xantana apresenta enzimas codificadas por uma região do genoma nomeada gum, composta por 12 genes (“gumB” ao “gumM”), com aproximadamente 12 kb. A transcrição do operon gum tem sido descrita, por um promotor localizado upstream ao primeiro gene, “gumB”. Para o estudo da expressão gênica através de RT-PCR, primers inseridos na região do operon gum em Xanthomonas, ainda não descritos na literatura, foram desenhados e testados, com o estudo de promotores secundários, determinantes na expressão gênica da xantana. A análise foi baseada em possíveis regiões promotoras upstream ao Operon gum, e foram realizadas através dos softwares “BPROM” e “Prokaryotic promoter analysis using SAK”. As regiões promotoras indicadas upstream a genes inseridos no operon gum foram selecionadas para o desenho dos iniciadores, a partir de oito genomas completos de espécies de Xanthomonas. Para os genes selecionados a partir da predição de regiões promotoras, primers específicos foram desenhados para amplificação por PCR em Tempo Real. As sequências para cada gene selecionado foram alinhadas por ClustalW. Cada sequência foi analisada no software online “Primer3” v.0.4.0, os primers foram gerados com parâmetros ajustados para PCR em tempo real e certificados no Primer-BLAST. Utilizando o cDNA de duas linhagens de Xanthomonas, os primers foram testados quanto a amplificação em PCR em tempo real, analisando a especificidade na curva de dissociação e a qualidade na curva de amplificação. Com base nesta hipótese, observamos que alguns genes são transcritos isoladamente por promotores específicos, enquanto outros têm o mesmo promotor ou são transcritos simultaneamente. Os seis genes caracterizados como upstream de regiões promotoras, inseridas no operon gum, desenhados neste trabalho, podem ser estratégicos no estudo da expressão gênica na produção de xantana por bactérias do gênero Xanthomonas.