ANALISE COMPARATIVA DOS PSEUDOGENES ENTRE DUAS LINHAGENS DE CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS (C231 E 1002) E OUTRA ESPÉCIE CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE (NCTC 13129)

Anne Cybelle Pinto (UFMG); Daniela de Melo Resende (CPqRR/FIOCRUZ); Siomar de Castro Soares (UFMG); Vivian D'afonseca (UFMG); Sintia Silva de Almeida (UFMG); Robert Moore (CSIRO); Artur Luiz da Costa da Silva (UFPA); Jerônimo Conceição Ruiz (CPqRR/FIOCRUZ); Anderson Miyoshi (UFMG); Vasco Ariston de Carvalho Azevedo (UFMG)

Genes que perderam a função no genoma são caracterizados como pseudogenes, originados por mudança na fase de leitura devido à frameshifts ou stop códon prematuro. Pseudogenes não são raros em procarioto, como se relatava. Em Corynebacterium pseudotuberculosis foram feitas análises comparativas para detecção de pseudogenes entre duas linhagens (1002 e C231) e a Corynebacterium diphtheriae cujos genomas foram sequenciados. Para detectar pseudogenes nos genomas de C. pseudotuberculosis foi feita uma pesquisa de predição de proteínas usando blastp (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para identificação de proteínas com possíveis frameshift. Visando corrigir prováveis erros de seqüenciamento, foi utilizado o programa Consed, versão 19, para visualização da qualidade das bases. A correção de frameshift de genes erroneamente classificados como pseudogenes foi realizada pela deleção e adição de bases de baixa qualidade e  de boa qualidade previamente excluídas, respectivamente. Finalmente, proteínas não corrigidas foram classificadas como pseudogenes. Para as análises comparativas foi utilizado o programa ACT versão 8. Foram encontrados 49 pseudogenes nas linhagens 1002 e 64 na linhagem C231. Na linhagem1002, 13 pseudogenes estão presentes em ilhas de patogenicidade, incluindo uma transposase (presente na ilha 3) o que pode ser indicio de maior estabilidade desta ilha. Encontramos também genes de sistema ABC transportador, beta hidrolase, dehydrogenase, entre outros, que provavelmente apresentam tendência à mutação. Após a identificação dos pseudogenes na linhagem 1002, foi feita análise comparativa com C. diphtheriae cujo genoma apresenta 48 pseudogenes. Foi observado que três pseudogenes da linhagem 1002 também estão presentes em C. diphtheriae, sendo duas transposases e uma aminotransferase. Devem ser mais conservados e assim, distribuídos entre as espécies. Os pseudogenes não compartilhados entre espécies relacionadas, ou sofreram um processo de degradação e já não são reconhecidos ou são únicos da espécie. A linhagem C231 compartilha dois pseudogenes com C. diphtheriae, os mesmos da 1002,  porém uma transposase. As análises comparativas de C231 com 1002 ainda estão em andamento. Existe um grupo de pseudogenes único em cada espécie que supostamente apresentam origem recente. Os pseudogenes revelam o processo mutacional e evolutivo dos genomas bacterianos.