COMPARAÇÃO ENTRE AP-PCR, REP-PCR E PFGE PARA TIPAGEM MOLECULAR DE ACINETOBACTER SPP.

Andreza Francisco Martins (CGVS/SMS/POA); Keli Cristine Reiter (PPGCM/UFRGS); Alice Beatriz Machado (HCPA); Kátia Oliveira Pilger (HCPA); Lisandra Silvani Massi (HCPA); Larissa Lutz (PPGCM/UFRGS); Afonso Luís Barth (HCPA)

Introdução: Diferentes técnicas de tipagem molecular podem ser utilizadas na compreensão da epidemiologia molecular de um surto. A técnica de macrorestrição do DNA seguida de eletroforese pulsada (PFGE) tem sido considerada padrão-ouro para a tipagem devido ao seu elevado poder discriminatório. Entretanto, é bastante onerosa e trabalhosa. Assim, técnicas alternativas baseadas em PCR  têm sido utilizadas com bons resultados. Objetivo: Comparar dois diferentes métodos de tipagem baseados em PCR com a técnica de PFGE para tipagem molecular de Acinetobacter sp.. Materiais e Métodos: Foram selecionados 16 isolados de Acinetobacter spp. previamente identificados de diferentes pacientes internados no Hospital de Clínicas de Porto Alegre entre abril-junho de 2007. Para as técnicas de PCR o DNA bacteriano foi extraído por lise térmica e congelado até sua utilização. Os primers M13, REP1 e REP2 foram utilizados para as técnicas de AP-PCR e REP-PCR respectivamente. Para a técnica de PFGE a célula bacteriana foi previamente imobilizada em bloco de gel e realizada lise da parede celular com lisozima e proteinase K. A digestão do DNA foi feita com a enzima SmaI e as condições de corrida foram 5,9cm/V; pulso inicial 5s e final 30s por 24h. As imagens foram captadas por um fotodocumentador e analisadas pelo software BioNumerics. Resultados e Discussão: O coeficiente de Dice foi utilizado para determinar o grau de similaridade entre os isolados. As 16 amostras analisadas foram classificadas em três clusters distintos por AP-PCR e quatro clusters distintos por REP-PCR e PFGE (similaridade maior ou igual a 85%). Assim, o AP-PCR demonstrou uma menor distinção entre os isolados do que o padrão ouro, PFGE. Entre o REP-PCR e o PFGE houve uma pequena divergência entre as amostras incluídas em cada um dos grupos. Este fato pode estar associado a pequenas diferenças na altura das bandas que podem interferir na interpretação da imagem, o que foi observado em alguns isolados na técnica de PFGE. Conclusão: A técnica de REP-PCR apresentou melhores resultados do que o AP-PCR quando comparada com o PFGE. A técnica de PFGE pode ser repetida para algumas amostras cujas bandas apresentaram distorção, o que pode ter acarretado pequena discrepância com o REP-PCR.