Área: Genética e Biologia Molecular ( Divisão N )
SEQUENCIAMENTO DOS GENOMAS DE LINHAGENS DE CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS UTILIZANDO A PLATAFORMA SOLID
Rommel Ramos (UFPA); Vivian D'afonseca (UFMG); Sintia Almeida (UFMG); Sara Cuadros (UFPA); Daniela Resende (UFMG); Louise Cerdeira (UFPA); Rogério da Silva (UFPA); Anne Pinto (UFMG); Siomar Soares (UFMG); Vasco Azevedo (UFMG); Artur Silva (UFPA); Jeronimo Ruiz (IRR)
Resumo
O
gênero Corynebacterium
é composto por uma grande quantidade de bactérias Gram-positivas
com alto conteúdo G+C. Neste gênero, um dos membros mais
significativos é a Corynebacterium
pseudotuberculosis:
patógeno intracelular que infecta principalmente ovinos e caprinos
causando a doença linfadenite caseosa. Devido a sua importância
econômica e relativa baixa caracterização genética, duas
diferentes linhagens de C.
pseudotuberculosis biovar equi que
infectam camelídeos e equídeos, respectivamente, foram escolhidas
para ter seu genoma decodificado utilizando-se a abordagem de
sequenciamento de nova geração conhecida como SOLID. Tendo como
genoma de referencia Corynebacterium
pseudotuberculosis
1002 e pela utilização de diferentes abordagens computacionais de
montagem de genomas a partir de fragmentos pequenos, foram obtidos os
genomas das linhagens acima citadas. As coberturas obtidas a partir
de leituras de 35pb foram de 200 vezes para ambas as linhagens. Após
o processo de anotação estrutural, funcional e análise comparativa
nossos resultados indicaram para: a) linhagem camelídeos: 2230
genes, densidade gênica de 0,98 e conteúdo GC total de 52%; e b)
linhagem equídeo: 2224 genes, densidade gênica de 0,97 e conteúdo
GC de 52%. Além
disto, diferenças
como a não ocorrência de cobertura em determinados trechos de
seqüência genômica para ambas linhagens, em comparação com o
genoma de referência, é um possível indicativo de ilhas genômicas.
A
utilização das abordagens computacionais de montagem de genomas a
partir de fragmentos pequenos supracitadas, juntamente com as
diferenças genômicas enumeradas poderão ser utilizadas como um
recurso de suma importância para o desenvolvimento de soluções no
combate a patologia causada por essas bactérias.
Apoio
Financeiro: FAPESPA, FINEP, Capes, CNPq;
Palavras-chave: Corynebacterium pseudotuberculosis, Solid, short reads |