DIVERSIDADE DE BACTÉRIAS EM UMA LAGOA DE EFLUENTES DE UMA INDÚSTRIA DE CARNES

Marina Cotta (UFPR)

Classicamente a diversidade de bactérias é estudada através do isolamento e análise a partir do crescimento em meios de cultura. Entretanto, estas técnicas muitas vezes limitam informações sobre a real diversidade. Atualmente o estudo da diversidade de comunidades microbianas pode ser feito por técnicas moleculares e ferramentas de bioinformática, independentes do cultivo. Estas abordagens baseiam-se na extração do DNA diretamente do ambiente e posterior amplificação, clonagem e sequenciamento de genes marcadores. Este trabalho tem como objetivo determinar e comparar a diversidade de bactérias diazotróficas e total em uma lagoa de efluentes de uma indústria de carnes. Para a análise da diversidade de bactérias diazotróficas, após a extração do DNA, o gene nifH foi amplificado através da PCR com os oligonucleotídeos iniciadores nifH-F (AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC) e nifH-R (TTGTTSGCSGCRTACATSGCCATCAT). Os fragmentos de PCR foram clonados em vetor pCR2.1 e transformados em Escherichia coli, estirpe DH10B, produzindo uma biblioteca com aproximadamente 200 clones. O DNA plasmidial foi extraído através da lise alcalina e seqüenciado. As seqüências foram filtradas para retirar a seqüência de vetor e avaliadas quanto à qualidade. A identificação dos grupos taxonômicos foi feita através da busca de homologia no banco de dados GenBank com o programa BLAST(N/X). Até o momento foram analisadas 107 sequências do gene nifH, que possuem, em média, 89,3% de identidade com o fragmento alinhado no banco de dados. Dentre os 107 organismos identificados, 13,08% pertencem a grupo das betaproteobactérias: Azoarcus sp. e Dechloromonas aromatica; 75,70% pertencem às gamaproteobactérias: Klebsiella pneumoniae, Azotobacter vinelandii, Tolumonas auensis, Pectobacterium atrosepticum, Vibrio diazotrophicus, Dickeya dadantii, Halorhodospira halophila; 0,94% pertence às deltaproteobactérias: Desulfovibrio magneticus; 1,87% pertence ao grupo das firmicutes/clostridia: Heliobacterium modesdicaldum, Clostridium beijerinckii; e 8,41% são organismos não identificados ou não cultivados. O DNA extraído foi utilizado também para a análise da diversidade total de bactérias, através da construção de uma biblioteca do gene 16S rRNA com 300 clones. O DNA plasmidial desta biblioteca está sendo usado para a reação de sequenciamento.