A Atrofia dos Ramos do Cafeeiro é causada pela bactéria fitopatogênica Xylella fastidiosa, a qual coloniza os vasos do xilema de uma ampla variedade de espécies de plantas. Diferentes isolados deste microrganismo tem sido associados ao desenvolvimento de patogênese em espécies de plantas com significativa importância econômica em toda a América. Esta bactéria está disseminada, de modo geral, por todas as áreas produtivas de cafeeiros do Estado de São Paulo e em outros estados brasileiros. Foi observado que algumas estirpes podem viver como residentes em vasos do xilema de plantas, sem induzirem sintomas da doença. Por ser idêntica geneticamente às plantas afetadas, uma possível explicação para a resistência à ARC pode estar na diversidade da comunidade endofítica presente na planta hospedeira. Dentro deste contexto, este trabalho tem como principal objetivo isolar e caracterizar a comunidade endofítica do cafeeiro, Coffea arabica, cultivar Bourbon Amarelo em culturas assintomáticas e sintomáticas para a ARC e avaliar a interação entre a comunidade endofítica do café e Xylella fastidiosa. Até o momento foram isolados 449 fungos e 207 bactérias associadas a C. arabica cv. Bourbon Amarelo de culturas sintomáticas e assintomáticas para a ARC. Para análise de crescimento bacteriano, foi observado o número de bactérias endofíticas isoladas em plantas sintomáticas e assintomáticas para a ARC, o resultado obtido foi da ordem de 10⁵ CFU g^-1 para as duas categorias de plantas. Em relação ao isolamento de fungos endofíticos de C. arabica cv. Bourbon Amarelo foi calculada a frequência de incidência de fungos endofíticos. Em ramos e folhas de culturas sintomáticas a frequência de infecção foi 0,84 e 0,71, respectivamente. Em culturas assintomáticas a frequência de infecção foi 0,85 em ramos e 0,49 em folhas.Os resultados obtidos poderão fornecer subsídios para o controle das doenças provocadas por Xylella fastidiosa.