O objetivo deste trabalho é determinar a qualidade do ar dos ambientes fechados e climatizados de dois hospitais, no Estado do Rio de Janeiro, através de avaliações quantitativas e qualitativas de agentes biológicos para o controle e prevenção de riscos ambientais à saúde, buscando informações para embasar possíveis modificações na legislação atual. As coletas foram realizadas de acordo com a metodologia preconizada pela resolução n° 9/2003 da ANVISA através da utilização de um amostrador de ar por impactação para agentes biológicos. Foram selecionados pontos de coleta, onde foram medidas a temperatura e umidade de cada um dos pontos, e foi aplicado um questionário a fim de avaliar as condições de trabalho, bem como identificar possíveis fontes de contaminação. A identificação das cepas fúngicas foi realizada através da análise das características macro e micromorfológicas destes fungos em meios específicos. Foram isoladas 2525 cepas, sendo 1289 isoladas no hospital A e 1236 no hospital B. Os gêneros mais prevalentes em ambos os hospitais foram Aspergillus sp.; Penicllium sp.; Trichoderma sp. e Cladosporium sp. Foram também analisados os parâmetros físicos e as relações entre os fungos isolados e as estações do ano.