MODELAGEM ESTRUTURAL DE REGULADORES TRANSCRICIONAIS DA FAMÍLIA ARSR DE CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM

Louise Cerdeira (UFPA); Alessandra Ciprandi (UFPA); Rafael Baraúna (UFPA); Jerônimo Lameira (UFPA); Maria Paula Schneider (UFPA); Artur Silva (UFPA)

A Chromobacterium violaceum é uma beta-proteobactéria gram-negativa abundante em solos e água de rios brasileiros. Seu genoma completo encontra-se sequenciado e anotado e revela a versatilidade dessa bactéria frente às diversas condições ambientais e suas possíveis aplicações biotecnológicas, sendo este responsável por codificar cinco proteínas pertencentes à família SmtB/ArsR de reguladores transcricionais envolvidos na resistência bacteriana a metais. O objetivo deste trabalho foi utilizar a modelagem por homologia molecular para predizer a estrutura tridimensional destas cinco proteínas, haja vista que determinar esta estrutura experimentalmente é complexo, oneroso e demorado. Os valores de identidade obtidos entre os modelos: CV_0084, CV_0459, ArsR, CV_3351, CV_3659 com os PDB's 2JSC, 3F6V, 3F6V, 3F72, 1KU9 foram de 34%, 36%, 33%, 33%, 40%, respectivamente. Na modelagem foi utilizado o programa Modeller pacote 9v6,  produzindo 10 modelos diferentes para cada proteína – alvo, avaliados no programa Procheck 3.0 e Prosa 3.0. O RMSD (Root Mean Square Desviation) foi calculado para detectar quaisquer desvios de dobramento entre as estruturas. A proteína pertencente ao operon ars apresentou boa identidade com o PDB 3F6V, formada por quatro alfa-hélices e duas beta-folha consecutivas. Outros 2 modelos (CV_0084 e CV_3351) foram estruturalmente semelhantes à proteína ArsR e 2 modelos divergiram (CV_0459 e CV_3659) em relação aos demais. O gráfico de Ramachandran apresentou em média 92% dos resíduos em regiões favoráveis, o que indica uma boa qualidade estereoquímica. O valor de z-score obtido dos 4 modelos (CV_0084, ArsR, CV_3351, CV_3659) foi em média -4,24 e do modelo CV_3659 foi de -0,81. Serão necessários mais estudos para identificar se todos estes reguladores estão envolvidos na resistência bacteriana a metais. Estes estudos possibilitarão a aplicação biotecnológica e o melhor conhecimento deste microorganismo para sua utilização em processos de biorremediação.