Foram obtidos 162 isolados de fungos filamentosos, que correspondem a 42 morfotipos diferentes. Em geral, as contagens das populações dos grupos de microorganismos avaliados e à abundância de hifomycetes foram maiores na folhagem em relação com os dados obtidos a partir do biofilme de pedras e da água, o que é explicado pelo aporte de matéria orgânica e pelo favorecimento na formação de biofilmes na superfície da folha. Considerando a escala de hábitat, se encontraram maiores populações em piscina, provavelmente devido a maior retenção de matéria orgânica e microorganismos, nos rápidos o baixo fluxo pode diminuir as possibilidades de colonização. Ao avaliar as populações de acordo com a altura na quebrada não se evidenciou variação nestas. Em relação à costa da ilha avaliada as contagens foram maiores nas quebradas da costa oeste, os valores mais elevados se apresentaram na quebrada Iguapoga, localizada dentro do povoado e que recebe maior influência antrópica. É importante indicar que o uso do solo tem levado nesta parte da ilha à perdida da estrutura e da estabilidade, o que provoca um maior aporte de matéria orgânica favorecendo o desenvolvimento das populações microbianas, fato que se relaciona com os altos níveis de condutividade devido à origem vulcânica da ilha. Os dados aqui apresentados permitem concluir que o estado das populações microbianas avaliadas neste estudo é o reflexo, em diferentes escalas, das mudanças ocorridas devido ás atividades humanas. Os resultados sugerem que a microbiota é mais sensível às alterações do habitat e que os microrganismos podem ser utilizados como bioindicadores para ecossistemas aquáticos insulares tropicais.