| Área: Genética e Biologia Molecular ( Divisão N ) LEPBANK: UM BANCO DE DADOS DE SEQUÊNCIAS DE LEPTOSPIRA COM VALOR TAXONÔMICO
Marcus Redü Eslabão (UFPel); Odir Antonio Dellagostin (UFPel); Gustavo Maia de Cerqueira (Instituto Butantan)
Resumo A leptospirose é uma importante doença infecciosa causada por leptospiras patogênicas. A classificação molecular de Leptospira encontra à disposição inúmeras ferramentas, entretanto os métodos baseados em PCR-seqüenciamento têm vantagem em função da sua simplicidade a fácil aplicação. Diversos genes já foram avaliados como marcadores taxonômicos para identificação de Leptospira spp, entretanto a pesquisa no campo da sistemática ainda carece de um banco de dados que reúna as seqüências dos marcadores, bem como ferramentas úteis a Taxonomia e Filogenia. O GenBank é o maior repositor de seqüências disponível até o momento. Entretanto, há a necessidade em se desenvolver um banco de dados específico para seqüências de Leptospira e que reúna as ferramentas mais utilizadas por taxonomistas permitindo a realização rápida dos procedimentos. O presente estudo tem como objetivo organizar as sequências de Leptospira que apresentem valor taxonômico em um banco de dados especifico. Buscamos ainda (i) encorajar estudos posteriores a avaliar o valor taxonômico de novo loci candidatos e (ii) dar suporte a trabalhos de identificação de novos isolados.
O servidor do LepBank utiliza como Web Server o Apache 2.0 e como Servidor SQL o Firebird 2.1. A interface web foi criada em HTML e um Apache Shared Module gerencia os dados.
O banco de dados LepBank <lepbank.ufpel.edu.br> reúne sequências de diversos marcadores taxonômicos e permite sua busca através dos nomes do autor, gene e organismo, além no código de acesso. Busca de sequências idênticas ou semelhantes é realizada através de janelas de busca específicas. Alinhamento pairwise e global é realizado por método semelhante ao empregado pela ferramenta Blast (NCBI, GenBank). Dentro da janela de resultados, durante a busca de sequências, está disponível uma janela para seleção e envio das seqüências selecionadas pela ferramenta ClustalW. O depósito de seqüências é feito no próprio site, mediante preenchimento de formulário específico. O LepBank fornece um código de acesso para cada seqüência depositada.
Atualmente, o LepBank conta com um repertório limitado de seqüências (>170) cobrindo diferentes genes e espécies de Leptospira. Entretanto estas foram consideradas suficientes para a avaliação inicial da estabilidade e funcionalidade do banco. Futuramente, LepBank contará com um módulo para a realização online de análises filogenéticas baseado no programa Mega.
Suporte: CNPq, CAPES, FAPESP.
Palavras-chave: Leptospira, Bioinformática, Banco de Dados, Taxônomia |