SEQUENCIAMENTO DO GENE 16S RRNA E MULTILOCUS SEQUENCE TYPING PARA ESTUDOS DE TAXONOMIA E IDENTIFICAÇÃO DE LINHAGENS BIOQUIMICAMENTE ATÍPICAS DE YERSINIA SPP.

Roberto Antonio de Souza (FCFRP/USP); André Pitondo-silva (FCFRP/USP); Juliana Pfrimer Falcão (FCFRP/USP)

A classificação das diferentes espécies de Yersinia é baseada, sobretudo em características bioquímicas. O Laboratório Nacional de Referência em Yersinia spp. outras que Y. pestis recebeu mais de 700 amostras que foram confirmadas como Yersinia. Entretanto, sete linhagens não puderam ser identificadas bioquimicamente em nenhuma das espécies de Yersinia atualmente conhecidas e, por isso, foram denominadas de atípicas. O objetivo desse trabalho foi identificar linhagens atípicas de Yersinia spp. através do sequenciamento do gene 16S rRNA e Multilocus Sequence Typing (MLST). Sete linhagens bioquimicamente atípicas foram tipadas por análise da sequência de cinco loci conservados: 16S rRNA e quatro genes housekeeping (gyrB, hsp60, rpoB e sodA). Após as amplificações cada produto de PCR foi sequenciado pelo menos três vezes em ambas as direções. Para cada uma das linhagens atípicas foram obtidas sequências consenso utilizando o programa ChromasPro 1.41. Essas sequências foram comparadas às sequências de DNA dos mesmos genes de cada uma das espécies de Yersinia depositadas no GenBank. O programa BioNumerics 5.1 foi utilizado para construção dos dendrogramas de similaridade genética através do algoritmo Neighbor-joining com modelo de substituição de distância Kimura 2-parâmetros. Valores de bootstrap de 1000 reamostragens foram usados para estimar a consistência interna das análises filogenéticas. As análises individuais de cada gene bem como a análise dos quatro genes housekeeping concatenados agruparam a maiorias das espécies de Yersinia em clusters espécie-específicos. Além disso, duas linhagens atípicas foram agrupadas junto ao cluster de Y. ruckeri, uma linhagem atípica junto aos representantes de Y. enterocolitica e quatro linhagens atípicas junto ao cluster de Y. massiliensis. A proximidade filogenética entre duas linhagens atípicas e Y. ruckeri sugere que elas pertençam a essa espécie, a proximidade filogenética entre uma linhagem atípica e o cluster de Y. enterocolitica sugere que essa linhagem seja Y. enterocolitica e a proximidade filogenética entre quatro linhagens atípicas e o cluster de Y. massiliensis sugere que essas linhagens pertençam a essa espécie. Conclui-se que as análises filogenéticas por MLST e sequenciamento do gene 16S rRNA foram melhores que os testes fenotípicos para identificar em espécies linhagens bioquimicamente atípicas de Yersinia.