O Brasil é reconhecido como sendo um dos países que apresenta um dos maiores índices de biodiversidade animal e vegetal. No entanto sobre a diversidade microbiana brasileira existem poucos relatos científicos. Esta falta de conhecimento a respeito dos microrganismos é preocupante, pois, ha necessidade da expansão agrícola tem ameaçado a biodiversidade devido ao aumento populacional, agricultura intensiva e abundante aplicação de defensivos agrícolas. Este estudo teve como objetivo estudar a biodiversidade de fungos filamentosos presentes em 11 amostras de café, provenientes de diferentes cidades de Minas Gerais e Espírito Santo. Para o isolamento dos fungos foi utilizada a técnica de plaqueamento direto em meio Dicloran Rosa de Bengala Cloranfenicol (DRBC) por 7dias a 25ºC, sendo que para cada amostra, houve o plaqueamento com processo de desinfecção e sem desinfecção. Após o período de incubação, os isolados foram purificados em meio Malte Agar (MA) a 25º por 7 dias. Em seguida as culturas puras foram transferidas para placas de Petri contendo Czapeck Yeast Agar (CYA) as temperaturas 25ºC e 37ºC e Agar Extract Malt (MEA) a 25ºC por 7 dias e logo após realizou-se a identificação das espécies. Das 11 amostras analisadas foram obtidos 182 isolados de fungos filamentosos, sendo 17% de A.foetidus, 13,73% de A. ochraceus, 12,63% de A. flavus, 12,43% de A. niger; 9,34% de A. tubingensis; 7,69% de P. brevicompactum; 4,94% de A. ostianus; 2,74% de A. westerdijkiae, 2,74% de A. fumigatus; 1,64% de Eurotium chevalieri; 1,09% de A. versicolor, Penicillium sp; A. niger Agregado; A. wentii; P. roquefortii; P. funiculosum; A. oryzae, A. sclerotiorum; A. fumigatus; P. citrinum; P. pinophilum; P. solitum; 0,54% de A. lacticoffeatus, A. sydowii, P. aurantiogriseum; P. aculeatus; P. hirsutum; Alternaria sp.; A. puniceus; P. corylophilum. Os resultados obtidos neste estudo demonstram que existe uma grande diversidade de fungos filamentosos em grãos de café. Estes microrganismos são muito importantes, pois, além de interferir na qualidade da bebida produzida, também podem apresentar diversos potenciais biotecnológicos.