Resumo

Com o advento de novas técnicas de sequenciamento de genoma, o volume de dados gerados tem aumentado exponencialmente, fazendo-se necessária a criação de abordagens no campo da bioinformática para o acesso à informação adquirida; com especial importância para buscas de genes e vias metabólicas com interesse farmacêutico e industrial. As bactérias do gênero Streptomyces encontram-se entre os principais organismos recentemente sequenciados. Elas são encontradas principalmente em solos e têm sido isoladas de ambientes exóticos, tornando-as de grande interesse industrial devido à ampla gama de metabólitos secundários produzida por seus membros. Streptomyces olindensis, produtor do antibiótico e antitumoral cosmomicina D, teve seu genoma recentemente sequenciado, gerando uma cobertura de aproximadamente trinta vezes o genoma, revelando um cromossomo linear de aproximadamente 9,0 Mb e um plasmídeo linear de 76 Kb. Com a finalidade de rastrear as enzimas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, foi introduzido o pacote HMMer3 para a identificação de domínios catalíticos utilizando os perfis HMM do banco de dados do Pfam. A analise revelou não apenas a presença de várias sequências homólogas àquelas descritas como domínios funcionais para a produção de moléculas Policetidicas e de Peptídeos Não Ribosomais, como também de proteínas acessórias, entre eles: 272 transportadores do tipo ABC; 16 monooxigenases de Streptomyces; 20 acil-transferases; 203 álcool desidrogenases; 11 CoA transferases; 8 ciclases; 11 aminotransferases; 76 epimerases; 76 reguladores do tipo LuxR; 8 glicosil-transferases; 35 ceto-acil sintases; 18 ceto-redutases; 78 metil-tranferases; entre outros. As anotações dos genes foram realizadas manualmente pelo programa Artemis e confirmados pelo BLAST. Além disso, para poder identificar a organização dos domínios, os clusters biosinteticos e possíveis moléculas produzidas o servidor AntiSMASH revelou a presença de quatro clusters biossintéticos para policetídeos, três clusters para peptídeos não ribossomais, oito clusters híbridos, entre outros. Em conjunto, estas ferramentas demonstraram in-silico a imensa abordagem biotecnológica de S. olindesis como fabricante de moléculas, metabolitos secundários, com potencial desenvolvimento em diversas áreas industriais.