Resumo

A aquicultura é atualmente um dos setores da agropecuária brasileira com maior expansão. Bactérias do gênero Streptococcus associadas a alguns fatores como alta densidade de peixes, seleção de espécies, entre outros, tem levado ao desenvolvimento de doenças que acarretam em grandes perdas na produção de peixes em cativeiro, incluindo a Tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Um dos principais limitantes para o tratamento e manejo dos peixes é a ausência de um rápido e correto diagnóstico da natureza etiológica da doença, além da dificuldade de monitoramento. Técnicas de biologia molecular como a PCR, propiciam rapidez e podem significar uma melhora significativa na eficiência e qualidade do diagnóstico de doenças bacterianas. O presente trabalho objetiva contribuir para o processo de diagnóstico de estreptococose causada por Streptococcus iniae, propondo iniciadores específicos alternativos. Para tanto, foram recuperadas, do banco de dados NCBI, sequências do gene ribossomal 16S de todas as bactérias do gênero Streptococcus. Duzentas e duas sequências foram alinhadas e analisadas através do programa MEGA 5.05. Uma árvore filogenética foi construída onde foram observados agrupamentos específicos para cada espécie. Com base nas regiões conservadas e variáveis foram selecionados dois iniciadores e utilizados para testes de amplificação específica. Os iniciadores foram avaliados quanto à formação de estruturas secundárias bem como temperatura de melting e especificidade de pareamento in silico. O primer forward Siniae1 possui 22 pares de bases, temperatura de melting em 64,6 ºC, 40,9 % de bases CG. O primer reverse Siniae2 possui 19 pares de bases, temperatura de melting de 60,0 ºC, 63,2 % de bases CG com amplicon de 590 pb. Os iniciadores também foram testados quanto a eficiência e especificidade não amplificando para amostras de DNA de Streptococcus equi, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae sendo positivo somente para Streptococcus iniae. Além disso, foram utilizados para amplificação específica tanto de amostras de DNA obtidas de cultura como a partir de amostras de tecidos de órgãos de peixes contaminados se mostrando eficaz como mais uma ferramenta no manejo de doenças de peixes de criação.