Resumo

Os elementos transponíveis (ETs) são ubíquos e constituem uma importante fonte de variabilidade genética em fungos, podendo também gerar mutações deletérias. Os elementos transponíveis da classe II se transpõem via intermediários de DNA. Nessa classe, a superfamília Tc1-Mariner é considerada a mais abundante. Os elementos transponíveis podem ser utilizados como agentes mutagênicos visando a identificação e etiquetagem de genes e em estudos filogenéticos e populacionais. Epicoccum nigrum é um fungo ascomiceto endofítico que habita tecidos da cana-de-açúcar e outras plantas hospedeiras. E. nigrum é conhecido por ser um produtor de compostos de importância biotecnológica e por sua atividade de biocontrole de fitopatógenos. O presente trabalho teve como objetivo identificar elementos transponíveis da superfamília Tc1-Mariner no genoma sequenciado de E. nigrum. A sequência do transposon Pixie de Stagonospora nodorum foi utilizada em buscas por similaridade contra o genoma de E. nigrum utilizando-se BLASTn. Para se identificar as repetições terminais invertidas (RTIs), as sequências resultantes (com parte da região flanqueadora) foram analisadas por buscas por similaridade contra si mesmas utilizando-se BLASTn. Os transposons foram alinhados utilizando-se o programa MUSCLE. As sequências proteicas de transposases foram preditas no programa ORF Finder e analisadas contra o GenBank e o Pfam Database. Por fim, a região de inserção dos transposons foi analisada contra o GenBank utilizando-se BLASTx. Foi identificada uma família de transposons Tc1-Mariner em E. nigrum composta por oito elementos completos. TEn122, o transposon mais conservado identificado, possui 1852 pb, duplicação do sítio alvo TA, RTIs de 63 pb com repetições diretas de 15 pb e uma ORF que codifica uma transposase com um motivo de ligação ao DNA hélice-volta-hélice (que reconhece as RTIs) e um motivo DDE (característico das transposases Tc1-Mariner) conservados, o que indica que esse elemento provavelmente pode se transpor no genoma. Os outros transposons possuem ORFs incompletas e provavelmente são inativos. Seis transposons se encontram inseridos em regiões com similaridades com proteínas de ETs, indicando regiões de agrupamento de ETs. Este trabalho contribui para o conhecimento sobre ETs em E. nigrum, que podem ser potencialmente úteis em análise de variabilidade genética como marcador molecular nesse fungo.